Anne-Marie Javouhey nacque il 10 novembre 1779 a Chamblanc, in Borgogna (Francia), in un contesto semplice e ricco di fede: era ancora bambina quando scoppiò la rivoluzione francese che portò profondi sconvolgimenti nella Chiesa, con persecuzioni nei confronti di fedeli e ordini religiosi. Proprio questa persecuzione non favorì il discernimento di Anne-Marie, che non aveva un direttore spirituale a cui rivolgersi. Finalmente, l’11 novembre 1798, in clandestinità, Anne-Marie Javouhey si consacrò a Dio. Divenne religiosa professa a Chalon-sur-Saône il 12 maggio 1807, dando inizio alla Congregazione delle Suore di San Giuseppe.
Istruzione ed educazione dei poveri furono i capisaldi della sua azione, che la portò ad aprire piccole scuole. Inoltre, nel 1810, durante la guerra con la Spagna, insieme alle consorelle prestò assistenza ospedaliera. Nel 1812, suo padre acquistò l'ex convento dei Récollets a Cluny, dove organizzò il suo primo noviziato. Da quel momento in poi, il nome di Cluny sarà legato a quello delle suore di San Giuseppe.
L’abilità in campo educativo fece sì che venisse segnalata a Desbassyns de Richemont, l'intendente di Ile Bourbon, un dipartimento francese nell'Oceano Indiano (attuale isola della Réunion), che le chiese di educare i giovani locali. Anne-Marie Javouhey si era preparata tutta la vita a un simile compito e così, il 16 gennaio 1817, quattro giovani sorelle lasciarono Rochefort per iniziare l’attività missionaria: presto gli orizzonti della sua Congregazione si allargarono e dopo La Réunion, le sorelle della Congregazione delle Suore di San Giuseppe raggiunsero Saint-Louis, Senegal e Goree nel 1819, la Guyana e Guadalupa nel 1822, Martinica, Saint Pierre e Miquelon nel 1826, Pondicherry nel 1827, Tahiti nel 1844, alcune piccole isole del Madagascar e Mayotte nel 1846, le isole Marchesi nel 1847.
Anne-Marie Javouhey sognava di formare “apostoli” indigeni che potessero parlare di Dio ai propri fratelli meglio di chiunque altro e s'impegnò a portare in Francia giovani africani affinché venissero istruiti a spese della sua Congregazione per diventare sacerdoti o insegnanti. Tre di loro arrivarono al sacerdozio nel 1840 e furono i primi sacerdoti africani.
Anne-Marie Javouhey in Africa divenne più consapevole della sua missione: educare affinché ogni persona potesse prendere il controllo della propria vita, essere autosufficiente e integrarsi nella società, riconoscere la dignità e l'uguaglianza degli uomini e delle razze (compresa l'abolizione della schiavitù), promuovendo l'evangelizzazione della popolazione locale attraverso fedeli appartenenti alla stessa comunità e a cui aprire le porte del sacerdozio.
Durante il suo servizio dovette vincere pregiudizi, affrontare cattiverie, lottare contro l’ostilità oltre che dei coloni anche di religiosi e religiose, e subire la persecuzione da parte di autorità ecclesiastiche che cercavano di ricondurre alla diocesi la Congregazione da lei fondata. Convinta che tutti siano figli dello stesso Padre, Madre Javouhey ha vissuto una totale fiducia in Dio: «Non abbiate mai paura della vostra forza quando vi affidate a Lui. Solo Dio può portarti via da tutto». Madre Javouhey morì a Parigi 15 luglio 1851 e venne proclamata beata da Papa Pio XII, il 15 ottobre 1950.