Bernhard Thanhäuser nacque il 27 febbraio 1918 a Berlino, primo di tre figli: dopo la Grande Guerra, i suoi genitori si trasferirono in Slesia dove suo padre, che aveva combattuto nel conflitto mondiale, divenne capo della Forestale. Entrò nell'Ordine Ospedaliero di San Giovanni di Dio all'età di 17 anni il 27 maggio 1935, nella provincia della Slesia e successivamente venne destinato a Breslavia, dove l'Ordine gestiva un grande ospedale. Bernhard fu ammesso al noviziato il 20 settembre 1935, ricevendo il nome religioso di fratel Fortunato e emise i suoi primi voti il ​​21 novembre 1936, prima di ricevere la formazione come infermiere, poi come radiologo e tecnico di laboratorio. Il religioso  emise la professione perpetua solo il 21 luglio 1946 a causa della Seconda Guerra Mondiale: il provinciale e i suoi consiglieri erano stati infatti imprigionati dalla polizia segreta del regime nazista nella data originariamente prevista per la sua professione temporanea. Fratel Fortunato fu maestro dei novizi dal 1953 al 1969 e delegato generale dal 1959 al 1964: dopo l’elevazione della delegazione generale al livello di Vice-Provincia, divenne il primo vice-provinciale, in carica fino al 1968.
Fratel Fortunato sognava da tempo di diffondere l'Ordine nei paesi di missione, specialmente in India, convinto che questa fosse la volontà di Dio. Era ancora vice provinciale della provincia tedesca, a Francoforte, quando venne chiamato a Kattappana dall'arcivescovo di Changanachery, mons. Mathew Kavukatt. La missione che gli venne  affidata era quella di provvedere alle necessità sanitarie delle popolazioni più remote delle montagne del Kerala. Lì aprì un dispensario e una comunità, mentre iniziava a costruire l'ospedale San Giovanni di Dio, oggi l'ospedale più grande e più importante della regione in grado di servire una popolazione di circa un milione di persone. Fratel Fortunato aprì anche una scuola per infermieri, un orfanotrofio, una casa per anziani, un ospedale psichiatrico e avviò molti altri servizi sociali per meglio aiutare le persone che lo venerarono rapidamente come il "Padre dei poveri".
Fratel Fortunato fondò anche la congregazione religiosa delle Suore della Carità di San Giovanni di Dio a Kattappana l'8 settembre del 1977, con il compito di  lavorare a fianco dei Fratelli, secondo il carisma e la spiritualità di San Giovanni di Dio, al servizio dei poveri, dei malati e dei bisognosi. Oggi la Congregazione conta circa un centinaio di  religiose presenti non solo in India, ma anche in Austria, Germania e Italia.
Fratel Fortunato morì a 87 anni, il 21 novembre 2005, giorno della Presentazione della Vergine Maria, anniversario dei suoi primi voti emessi 69 anni prima: è stato dichiarato "Servo di Dio" il 22 novembre 2014 a Kattappana.