Charles Lavigerie nacque il 31 ottobre 1825 a Bayonne, nel sud-ovest della Francia, in una famiglia non particolarmente fervida dal punto di vista religioso. Una breve permanenza al seminario minore della sua diocesi fece comprendere ai superiori che il giovane aveva doti particolari: Charles venne quindi mandato a Parigi per continuare gli studi, dove fu ordinato sacerdote nel giugno del 1949. Divenuto dottore in Teologia e in Storia della Chiesa, insegnò alla Sorbona. Gli studi storici effettuati fecero in modo che si sviluppasse nel futuro missionario un senso della storia e delle sue prospettive che lo accompagnò per tutta la vita.
Nel 1856, Padre Lavigerie fu incaricato dall'Arcivescovo di Parigi di dirigere l'Opera delle Scuole d'Oriente, fondata poco prima per sostenere le opere cattoliche in Medio Oriente. A seguito di questo incarico, Padre Charles compì un viaggio di diverse settimane in Siria per aiutare le vittime dei massacri scaturiti da una rivolta curda. Questo viaggio segnò profondamente il pensiero e la visione ecclesiale di Lavigerie, che nutrì per tutta la vita un grande interesse per i cristiani d’Oriente.
Dopo due anni trascorsi presso la Santa Sede come uditore del Tribunale della Sacra Rota, l'Abate Charles Lavigerie fu nominato a 38 anni Vescovo di Nancy da Papa Pio IX, che ne aveva apprezzato l'intelligenza e la vivacità di spirito. Divenuto il più giovane vescovo di Francia, intraprese importanti riforme nella sua diocesi, specialmente nella formazione del clero, a suo avviso una priorità per la Chiesa francese, acquisendo sempre maggiore prestigio fra i vescovi del paese. Alla fine del 1866, su proposta del governo francese e con l'assenso della Santa Sede, al Vescovo Lavigerie fu offerta la sede episcopale vacante di Algeri. Egli accettò senza indugi questo incarico considerato privo di prestigio, poiché gli offriva l’opportunità di realizzare il progetto di vita missionaria serbato nel cuore fin dagli anni del seminario maggiore. Lavigerie arrivò ad Algeri nel maggio 1867: l'Algeria era allora sotto la dominazione francese, una terra mediterranea di cultura araba e religione musulmana. Nella prima lettera pastorale indirizzata al nuovo gregge, Monsignor Lavigerie espose due orientamenti principali: l’opzione pastorale per tutti gli abitanti della sua diocesi, cristiani e musulmani, e la convinzione che il suo ufficio lo invitasse a guardare oltre i limiti del Grande Sahara, per portare il Vangelo nelle regioni ancora poco conosciute dell'Africa sub-sahariana. Questa apertura verso il centro del continente venne confermata da Papa Pio IX, che nel 1868 lo nominò Delegato Apostolico per il Sahara e il Sudan. Nell’esercizio di questo nuovo incarico, fondò due istituti missionari dedicati alle popolazioni dell'Algeria e in generale della vasta regione subsahariana. Fu così che nacquero, nel 1868, la Società dei Missionari d'Africa, spesso chiamati Padri Bianchi, e la Congregazione delle Suore Missionarie di Nostra Signora d'Africa (SMNDA), o Suore Bianche.
Il nuovo Papa, Leone XIII, accolse la richiesta dell'Arcivescovo di Algeri e gli affidò l’incarico della prima evangelizzazione di vaste aree dei Grandi Laghi in Africa Equatoriale. Per dieci anni consecutivi a cominciare dal 1878, una carovana composta da una decina di missionari partì ogni anno verso le regioni centrali dell'attuale Tanganyika, Uganda e nella parte orientale della Repubblica Democratica del Congo, da Kivu a Ituri. Sempre nel 1878, Monsignor Lavigerie fondò una comunità di missionari Padri Bianchi a Gerusalemme. Su sua richiesta, a questi venne affidata la cura della piscina di Betesda (Betzaeta) e della vicina Basilica di Sant'Anna.
Nel 1881, Monsignor Lavigerie fu nominato dalla Santa Sede Amministratore di Tunisi. Nel marzo 1882, apprezzandone la competenza, la capacità di mediazione e l’impegno missionario, Papa Leone XIII elevò l’Arcivescovo Charles Lavigerie al cardinalato, mentre nel 1884 venne nominato Arcivescovo titolare di Cartagine.
Il Cardinale s’impegnò in una campagna anti-schiavitù tra il 1888 e il 1890. Colpito dai racconti dei missionari e degli esploratori sulle atrocità del traffico di schiavi nell'Africa equatoriale, in occasione della pubblicazione dell'enciclica di Leone XIII In plurimis per l'abolizione della schiavitù in Brasile, Lavigerie ottenne l’autorizzazione del Santo Padre a denunciare la tragedia delle razzie di schiavi nell'Africa equatoriale. In pochi mesi, il Cardinale organizzò una campagna di conferenze pubbliche, interessando tutte le principali potenze europee.
Guardando poi al proprio paese d’origine, il Cardinale, ispirato dal pensiero del Papa, invitò la Chiesa di Francia ad abbandonare la sua radicale opposizione al governo per aprirsi al dialogo.
Il Cardinale Lavigerie, uomo di profonda fede e nutrito da un'autentica vita spirituale, austero nella vita privata e pastore capace di attrarre molti giovani all’impegno missionario, si spense a Algeri il 26 novembre 1892.